Для объяснения - симпатичный вариант. Но все-таки в реальности дерево строили "от кроны" - от существующего сегодня разнообразия митохондриальной ДНК. Скажем, есть три варианта ДНК - один с последовательностью дикого типа (усредненный вариант), второй с 1 заменой нуклеотидов и третий с этой заменой и еще одной. Этих вариантов в популяции 80%, 15% и 5%. Тогда естественно считать предковым вариантом (евой) вариант дикого типа. А варианты 2 и 3 - произошедшими из этого основного типа. А теперь перейдем к реальному числу вариантов мтДНК - и построим сложный граф образования вариантов. В итоге построится исходный вариант митхондриального генома Евы. Ну и зная частоту мутаций в мтДНК и средний возраст поколения - можно рассчитать время ее существования.