Новые мутации, конечно, все время происходят. Но они не делают гаплотип неузнаваемым. Все равно будет понятно, что эта особь относится к гаплотипу е, даже если в ее мтДНК несколько новых мутаций уже есть "поверх" исходного гаплотипа.