Штука, как я понимаю, в том, что общая популяция существовала достаточно долго при достаточно умеренной численности. Поэтому в ней Ева всяко должна была получиться. А дальше уже (в том числе при дивергенции популяций) пошли мутации одной исходной последовательности, отчего генетики и могли применять математические инструменты для восстановления оной, считая, что она одна и стояла в корне.