Предки могут быть. Только установить их "по другим генам" не представляется возможным, - именно потому, что другие гены этот предок может в совершенно случайном порядке передавать или не передавать своим детям. Получается: предок есть, а взятый нами для анализа ген он нам не передал. Значит, он как бы уже не предок "по этому гену". :)