Самосборка

[macroevolution]

 Процессы самоорганизации в онтогенезе многоклеточных: опыт имитационного моделирования.
Доклад на семинаре «Вопросы эволюции» 20.05.2011
М.А.Марков, А.В.Марков

На сегодня у меня было запланировано отрецензировать 1 статью и 1 автореферат. Как-то быстро управился, осталось "лишних" 2 часа, вот и решил выложить доклад.

А вот видео

Comments

[clayrat.livejournal.com]

о, спасибо!

[oldodik.livejournal.com]

Ура-ура! Закончу очередные котята и почитаю внимательно. Тогда мб вопросы возникнут;)

[rvp74.livejournal.com]

Можно ли скачать саму программу с примерами?

[dorinem.livejournal.com]

Очень интересная лекция. Спасибо огромное, что поделились. Я очень впечатлена.

[svetlana-burlak.livejournal.com]

А как в программе реализован "апоптоз"? Если на n-ом шаге клетка А "отмерла", то что на её месте будет на шаге n+1? Внешняя среда? Мёртвая клетка-сосед? Потому что клеткам-соседям надо же на что-то реагировать.
В жизни, как я понимаю, на месте покойной клетки остаётся некоторое количество веществ, которые соседние клетки могут как-то "утилизировать", а в программе никакого обмена веществ нет, и что должно появиться в случае апоптоза, непонятно (может, он потому и виснет?).

[grihanm.livejournal.com]

"Мы начинаем изобретать лишние сущности. Будь то Ламарковское «стремление к совершенству», «радиальная энергия» Тейяра де Шардена, «активность» Юрия Викторовича Чайковского, номогенез, ортогенез и так далее."

Александр Владимирович, читали-ли вы вот это интервью?
http://nature-wonder.livejournal.com/196199.html Там упоминаются некие "агенты активности" - это вероятно как раз что-то из Чайковского... Складывается впечатление, что многие специалисты в биологии по прежнему продолжают изобретать эти "лишние сущности" не только изза конринтуитивности, но всё же и по неким более веским причинам. Могли бы вы как-то это интервью или некоторые его фрагменты прокомментировать? Всё же тема завораживающая до самых этих... как их... базальных ганглиев :))

прочтя

[oldodik.livejournal.com]

Вопросов как-то не возникло, впрочем - я с одной стороны не биолог, с другой - не программист, а с третьей - мне просто все эти штуки с самосборкой ужасно нравятся. Очень это все элегантно.

М. А. Марков, как догадываюсь, сын? пустячок, а приятно.

А еще оффтоп: мне вчера опять мозги переклинило, пошел их отдыхать на Элементы в "Детские вопросы". С одной стороны - даа, детишки такие вопросы иногда задают. Плюс формулируют их весьма телеологично (вот про что Вы неоднократно писали и говорили). Трудненько бывает отвечать, это заметно.

С другой - огорчило обилие фриков в комментариях. Понятно, что фрики у нас повсюдны и неистребимиы, но хоть на Элементах бы их модерить. Они же своим, извините за выражение, срачем забивают напрочь то разумное, что в этихкомментариях нередко попадается.

[kraidiky.livejournal.com]

Здравствуйте.
Я по вашему совету обращался к Светлане Александровне Боринской, по поводу идеи полевого исследования по "генам агрессивности" в виде военных игр. Но, к огромному сожалению, потерял почтовый адрес, который она мне дала, а у вас он наверняка есть. Можно у вас её почту попросить?
Мои контакты: kraidiky@gmail.com

[primordialkitty.livejournal.com]

Очень впечатляющая работа! Доклад так просто и доходчиво написан, что даже любимые вами креационисты его поймут:)) И присоединяюсь к просьбе выложить саму прогу с примерами для большей наглядности.

[wormball.livejournal.com]

Касаемо увеличения скорости работы программы у меня следующие предположения (исходников я не видел, но что-то мне подсказывает):

- Можно делать визуализацию не каждый шаг, а, скажем, раз в 100 шагов.

- Наверняка взаимодействие считается по принципу "все со всеми". Но в то же время, насколько я понял, клетки расталкиваются только когда близки. На эту тему есть хороший алгоритм - разбить пространство на кубики размером чуть больше диаметра клетки и держать списки тех, кто находится в каждом кубике, и соответственно считать взаимодействие только тех, кто находится в одном или соседних кубиках. Получается линейная вычислительная сложность, а не квадратичная. К сожалению, забыл, как этот алгоритм называется, но он в молекулярном моделировании применяется.

- Касаемо морфогенов то же самое. Насколько я понял, концентрация морфогена расчитывается в каждой точке, где расположена клетка, на основании суммирования по другим клеткам. Физически правильнее (и вычислительно быстрее в случае большого числа клеток) опять же разбить пространство на кубики и моделировать уравнение диффузии на этой сетке. Единственный минус - что морфоген достигнет противоположного конца организма не сразу, а через количество шагов, чуть большее, чем расстояние в кубиках. Но можно за каждый шаг моделирования считать диффузию не один, а два или более раз.

И по поводу языка поведения клетки. Я так понял, вы просто пишете программу на С++ и ничтоже сумняшеся компилируете её визуальной студией. Это удобно и быстро, но, как вы сами заметили, почти несовместимо с автоматическим мутагенезом. Я бы на вашем месте сделал как в генетическом программировании - программа клетки представляется деревом, в узлах которого условия и действия. Тогда мутагенез будет изменением части узлов, а кроссинговер - обменом частью поддеревьев. А в текстовом виде можно записывать, например, в Лисп-подобной нотации.

[natalia-2302.livejournal.com]

Пример с Дедом Морозом и снежинкой - просто шедевр!!! Интересно - это собственный креатив или кем-то "навеяно"?