Да, по части восприятия молекулярных методов частью палеонтологов - неполиткорректно.

Хотя это же ценнейшая информация. Геологическая летопись сплошь и рядом неполна, особенно плохо сохраняются следы мягких тканей.
Анатомия и онтогенез отражают нынешнее положение вещей, геологические данные неполны.
Нередко это приводит к тому, что представления о близости или не-близости тех или иных таксонов становятся предметом веры, а не знания (когда ряд вариантов примерно равноценны).
Исследования ДНК в таких случаях становятся источником научного знания.
Может противоречить-то вере, бывает.

Но ведь никаких крупных расхождений (ну вроде как "человек ближе к моллюску, чем к мыши") с имеющимися данными нет. А есть уточнения того, что "просто так" неочевидно, например - к кому ближе полухордовые, к иглокожим или хордовым. Или к каким червям близки моллюски, а к каким членистоногие.