Если я правильно поняла, то речь идет о том, что сначала у нас воздействие среды -> фенотипические проявления -> фиксирование в генах.

Подобное действительно можно наблюдать, но неправильно интерпретировать. Например, геном в зиготе (и пару последующих делений) молчащий. Всю машинерию деления обслуживает "отцовско-материнский" клеточный бульон. Допустим, что в момент слияния (или незадолго "до"), в следствие каких-то причин,в яйцеклетке или сперматозоиде включились какие-то хитрые факторы транскрипции и плавают в клетке. Произошло оплодотворение. Вот зигота поделилась и ее геном включается специфическими материнскими (или отцовскими) факторами транскрипции. В новом поколении мы можем наблюдать включение "спящих" генов на весьма ранних этапах, что может иметь большие последствия при дальнейшем эмбриональном развитии. Это можно трактовать, как появление "новых" мутаций. И это мы еще не учитываем метиляций.