Странно, что вы, часто комментируя тексты по эволюционной биологии, не понимаете этого общепринятого жаргона.
Когда биологи говорят, что бактериям (или кому угодно еще) "выгодно" иметь какой-то признак, это значит следующее. Бактерии, которые имеют этот признак, оставляют в среднем больше жизнеспособного потомства по сравнению с бактериями, не имеющими этого признака. Поэтому частота встречаемости в генофонде популяции аллелей, повышающих вероятность того, что у бактерии будет этот признак, автоматически растет, а частота аллелей, снижающих эту вероятность, снижается. Другой способ сказать то же самое: "отбор поддерживает данный признак". Никакого другого смысла в слово "выгодно" эволюционные биологи не вкладывают.