СТЭ предполагает, что мутации у нас спонтанные и самопроизвольные.

Да, безусловно. И вы в рассуждениях выше не вводили ничего направленного.

Хотите считать, что там мутируют гены?
Никакой наследственности сверх генов вы не ввели. Модель в которой ген проявляет себя только в неких конкретных условиях не нова.

Так вот, СТЭ не может объяснить разную скорость эволюции в этом эксперименте.
Отлично может и я объяснил вам как именно. Просто у вас в вашей гипотетической ситуации есть разная реакция организма на среду. Всё. Ну а поскольку ситуация именно гипотетическая, то вы способны описать её полностью. В том числе на уровне генов и аллелей. Вы от этого уходите и описание получается неполным. А без этого уравнения не написать.

И в уравнениях СТЭ никак не учитывается онтогенез.
Учитывают по результату. И именно поэтому спокойно описывают вашу ситуацию.