как это так получается, что один и тот же ген (т.е. один и тот же белок) участвует в совершенно разных видах деятельности?

Так же, как, например, вся машинерия, реализующая TCP протокол, участвует в отображении вот этого предложения на экране и в занесении какой-нибудь записи в какую-нибудь удалённую базу данных.