Молекулы собираются в определенные пространственные структуры не потому, что "так случайно вышло" -- есть определенные устойчивые точки в фазовом пространстве взаиморасположений отдельных атомов, эти точки явно вычисляются из законов электромагнитного взаимодействия
Есть конечно, только эти точки отвечают лишь за один шаг во взаимодействии. Они не определяют конечную пространственную структуру, которая может быть достаточно сложной.

Нет никаких конфигураций, не выводимых из законов природы. Вы полагаете, что есть? -- продемонстрируйте.
А как же к примеру белковые молекулы? Они могут принимать очень различные конфигурации. И конфигурация эта зависит вовсе не от химической способности аминокислот соединяться друг с другом, а от того, какая аминокислота намеренно/ненамеренно оказалась следующей.
Или так, есть кирпич, есть определенные устойчивые точки, к которым можно присоединить другие кирпичи ), но вариантов строений из этих самых кирпичей может быть премножество.
Вот скажите, как из свойства кирпича приклеиваться цементом к другому кирпичу выводится жилой дом?
Вот это и есть, надматериальность.