Следует ли банить креационистов?

[macroevolution]

На сайте "Элементы" постоянно регистрируется и пишет многословные комменты, забанивается, снова регистрируется под другим именем и снова пишет многословные комменты один матерый креационист под ником Имперор. Вот пример "дискуссии" с его участием: http://elementy.ru/news?discuss=431835

Мне лично такие дискуссии не кажутся ни полезными, ни конструктивными, поэтому считаю, что предпочтительнее банить. Не знаю, как кого, а меня эти бодания с креационюгами только отвлекают от работы и сжирают силы и время, которые можно потратить более продуктивно.

Но вот по поводу недавней моей заметки: 

Процесс появления новых ферментов прослежен в эволюционном эксперименте

(кстати, интереснейшее исследование) снова возникла дискуссия. Комментарии Имперора см. тут: http://elementy.ru/news?discuss=431917
А дискуссия такая (из переписки):  (только предупреждаю: читать это, не ознакомившись с заметкой и комментариями Имперора к ней, особого смысла не имеет - будет непонятно)

1. Уважаемый Александр!
Рухленко продолжает "гадить" на Элементах:
http://elementy.ru/news?discuss=431917
С уважением,
А.С.

2. From: Alexander Markov

В редакцию сайта "Элементы": 

Мне сообщили, что креационист опять пишет комментарии.
(см. ниже)

3. Редакция "Элементов" спросила: за что формально мы баним Имперора?

4. From: Alexander Markov

Формально, я думал, что мы его баним за креационизм, т.е. за упорное, назойливое и крайне многословное отстаивание взглядов, давно и окончательно отвергнутых наукой. Это как если бы новости по физике постоянно комментировал бы человек, доказывающий, что он создал вечный двигатель и что закон сохранения энергии неверен, и что авторы новостей - обманщики и т.д.
Можете и не банить его, если не хотите. Просто у меня совершенно нет желания отвечать на его бредятину. Тем более, что я точно знаю, в случае с Имперором, ответишь на одну реплику - тут же получишь следующую, а то и сразу целую пачку реплик по несколько страниц, он любит так делать. Он берет оппонентов измором. Ну и конечно, абсолютно глух к аргументам. 
Что касается его последних комментариев, то он в них он рассуждает как типичный креационист, когда ему предъявляют результаты эволюционных экспериментов или искусственного отбора. "Подумаешь, вывели из волка пуделя и бульдога. Все равно собака осталась собакой. Вы же не вывели из собаки жука. Ну или хотя бы кошку". 
Креационисты не понимают, что если бы мы действительно в эксперименте вывели из собаки жука или кошку, то тем самым не подтвердили бы, а опровергли современную эволюционную теорию. Эволюция основана на медленном накоплении множества мелких изменений. Путь от собаки до жука у природы занял примерно 600+600=1200 миллионов лет. Это по минимуму, скорее ближе к 1,5 миллиарда (от собаки назад до общего предка, который жил в глубоком докембрии, а потом от него - вперед к жуку). Если бы такое воспроизводилось в лаборатории... вот тогда смело можно было бы заявить, что "Дарвин был неправ".
Имперор пишет "подумаешь, изменился фермент, который МОГ измениться, был к этому как бы готов".
Креационисты путают науку с (более привычными им?) религиозными чудесами. Они хотят чуда. Они требуют: сделайте нам такое эволюционное изменение, которое НЕ может произойти, тогда мы признаем эволюцию!
Разумеется, в эксперименте длиной в 3000 поколений были продемонстрированы как раз такие эволюционные изменения, которые МОГУТ произойти за 3000 поколений. А те, которые не могут произойти за такой срок (или не могут вовсе -  эволюция ведь, в отличие от Ктулху, далеко не всесильна), конечно, не были в этом эксперименте продемонстрированы.
А у этого фермента, о котором речь, изначально НЕ БЫЛО второй активности. У данного вида бактерий в геноме два разных гена - один для синтеза триптофана, другой для гистидина. Это исследование началось с того, что бактерий с отключенным триптофановым геном выращивали на среде без триптофана.При этом авторы нашли мутанта, у которого гистидиновый фермент в результате мутации смог с трудом, но все же выполнять "триптофановую" функцию наряду с исходной (которая, впрочем, пострадала). В общем, см. заметку. В итоге из фермента только с одной (гистидиновой) функцией в эксперименте был выведен сначала малоэффективный фермент с двойной функцией, затем эффективный фермент с триптофановой функцией, эффективный фермент с гистидиновой функцией (эта функция восстановилась) и фермент, эффективно справляющийся с обеими функциями.
Да, у некоторых других микробов есть подобный фермент с двойной функцией. Но не у сальмонеллы энтерика, о которой речь в статье. У нее нет такого фермента. А то, что такие ферменты существуют у других микробов, действительно доказывает, что подобное эволюционное превращение возможно. Разумеется, оно возможно. Невозможные вещи пусть Имперор в молитвах у своих богов требует. А в научном эксперименте, как ни удивительно, можно продемонстрировать только возможные вещи.
Я потерял логин и пароль для входа в каменты. Если сочтете нужным, можете вставить туда этот комментарий. А банить или не банить имперора - на ваше усмотрение. Только по-моему вообще эти комментарии - большое зло. Толковых обсуждений давно уже нет. 

Comments

[z-kir.livejournal.com]

>Вы рассуждаете так, словно совершенно незнакомы с.
Ну вот, вот теперь будете знать, что люди, знакомые с тем же что и вы, могут рассуждать как-то по другому.

>Не знаю, кто это.
А вы посмотрите в библиотеке у Александра, там, есть (http://www.evolbiol.ru/paperlist.htm )

Какая связь между Менделем и генетическим анализом - не уловил.

Если утомляю - извините. Никто от своих убеждений просто так отказываться не будет.

[dims12.livejournal.com]

Не надо отказываться от убеждений. Просто объясните Вашу точку зрения: каким образом работает ГА и почему тот же самый А, который Вы назвали "эволюция-3", не работает или не может работать в природе? В чём сакральная разница?

[z-kir.livejournal.com]

каким образом работает ГА
Я же говорю. ГА - это не волшебная палочка, а просто сочетание локального и глобального поиска. Датчик случайных чисел не имеет решающего значения. Сгодились бы любые варианты, например метод градиентного спуска, в качестве локального поиска, и методический обход пространства ( разбиение пространства на квадраты, как при поиске пропавших предметов), в качестве глобального поиска. Метафора "популяции" означает что алгоритм имеет на каждом шаге не одно, а некоторое множество решений.

В многомерном пространстве вычислить градиент и огранизовать методический обход может оказаться не так просто. Датчик случайных чисел позволяет этим не заморачиваться, а от некой точки переходить к просто к некоторой соседней, или к дальней, избежав при этом переодических орбит. Например точки сгенеренные по принципу {x=rnd();y=rnd()} рано или поздно покроют единичный квадрат, с любой наперед заданной плотностью.

Критически важным, при этом, является требования, чтобы поиск оставался в пространстве решений, а не выходил из него в результате мутаций.

Например, в задаче комивояжера требуется посетить N городов, причем каждый по разу, по самому короткому маршруту.

Допустимыми решениями являются последовательность 1,2,3,4,5...N и ее перестановки, например 2,1,3,4,5...N, 5,2,3,4,1...N.

"Случайная мутация", например замена случайного члена последовательности на прозвольное число, только разрушит решение и сделает его недопустимым. Например, из 1,2,3,4,5...100 сделает 2,2,3,4,5...100 или 321,2,3,5..100

Если поколение живет ограниченное время (как в живой природе), популяция вымрет.

Чтобы ГА работал, нужно, чтобы кто-то, обладающий разумом и волей, огранизовал мутации, чтобы они давали только допустимые, нужные изменения исходного решения (исходного генетического кода).


Поэтому ГА - вовсе не модель Эволюции-3 (возникновения порядка из хаоса).

Вообще, когда читаешь популярные книги по эволюции, создается впечатление, что это просто какой-то культ первобытного хаоса, из которого якобы возник порядок.

Можно сказать, что эволюция - процесс закономерный и запрограммированный ("Разумный План"). Но тогда это уже другой разговор.

[dims12.livejournal.com]

> ГА - это не волшебная палочка

Я это знаю, а вот Вы -- нет. Вам кажется, что когда на основе случайности появляется закономерность -- это чудо.

> Датчик случайных чисел не имеет решающего значения.

Имеет. Чем лучше генератор случайных чисел, тем лучше работает алгоритм. Если псевдослучайные числа плохие, то алгоритм будет "застревать".

> методический обход пространства

Ну мы говорим о ГА, там нет методического обхода пространства. Именно поэтому он подходит для поиска в пространствах с любым числом измерений и метрикой.

> Например точки сгенеренные по принципу {x=rnd();y=rnd()} рано или поздно покроют единичный квадрат, с любой наперед заданной плотностью.

Генетических алгоритм работает не так. Случайно меняется лишь небольшое число переменных, остальные остаются неизменными или заимствуются от родителей. После чего проводится отбор.

Ваш алгоритм -- это просто случайный поиск, а в ГА используются все три дарвиновских подпрограммы.

> замена случайного члена последовательности на прозвольное число, только разрушит решение и сделает его недопустимым

Ну это просто параметризация неправильная. Если у нас огромное количество недопустимых решений, то надо параметризовать по-другому.

> нужно, чтобы кто-то, обладающий разумом и волей, огранизовал мутации

Нет, Вы что-то путаете. В ГА мутации случайны, никто их не должен организовывать. Конечно, если программист устроил неудачную параметризацию, то он должен и исключения запрограммировать. Причина и следствие.

> Поэтому ГА - вовсе не модель Эволюции-3 (возникновения порядка из хаоса).

ГА -- это модель эволюции-3. Возникновения порядка из хаоса не происходит ни в эволюции, ни в ГА. Хаос в обоих случаях используется только в одном нужном месте -- для мутаций.

> читаешь популярные книги по эволюции, создается впечатление, что это просто какой-то культ первобытного хаоса

Это Ваши какие-то субъективные аллюзии.

> Можно сказать, что эволюция - процесс закономерный и запрограммированный ("Разумный План")

Нет, плана нет, мутации случайны. Есть только цель, поставленная обстоятельствами (выживание).

[z-kir.livejournal.com]

Дмитрий, совершенно не обязательно отвечать через 15 минут. Этого времени заведомо недостаточно чтобы просто понять написанное [собеседником].

Правильно ли я понимаю, чтобы ГА работал, должен быть программист, который запрограммирует удачную параметризацию?

[dims12.livejournal.com]

Ну для компьютерных программ программист нужен. Его роль неоднозначна: он должен и не НАПОРТАЧИТЬ. В случае задачи коммивояжёра, когда каждый ген однозначно кодирует один город в маршруте, мне кажется, это скорее вред, привнесённый программистом, чем какой-то недостаток алгоритма, как такового.

Я не думаю, что эволюцию программировал кто-то посторонний. Я думаю, что жизнь возникла в результате химической эволюции, то есть, самостоятельного земного природного процесса.

Но разум тоже естественен. Я не считаю, что часовщик, который делает часы, делает что-то противоестественное. У него в голове протекают физиологические процессы, которые приводят к такому шевелению его отростков (рук), что получаются часы. При этом знания о том, как эти часы делать, он получил от предков, просто в негенетической форме. Родились эти знания в результате долгого накопления мелких изобретений, большинство из которых были сделаны либо случайно, либо в результате инсайта, то есть, в результате эволюции внутри воображения.

[z-kir.livejournal.com]

мне кажется, это скорее вред, привнесённый программистом, чем какой-то недостаток алгоритма, как такового.
Это не недостаток, а его принципиальное качество. Если немного подумать, то станет ясно, что одним только алгоритмом, который по каким-то своим правилам меняет последовательность нулей и единиц в неком множестве чисел, никакую задачу решить нельзя, даже такую простую, как задачу коммивояжера.

Это ответ на вопрос, почему я не верю в эволюцию-3

[dims12.livejournal.com]

> Это не недостаток, а его принципиальное качество.

Нет, я не согласен. Вы специально выбрали гены плохо, а приписываете это алгоритму. Никто не заставляет выбирать гены плохо. Выберите их как попало -- уже будет лучше.

> одним только алгоритмом, который по каким-то своим правилам меняет последовательность нулей и единиц в неком множестве чисел, никакую задачу решить нельзя

За одним исключением -- ГА. Собственно, он даже и задачу коммивояжера решит, даже в Ваших странных координатах. Вы же сами сказали, что со времением случайные числа покроют всё пространство. Вот они и покроют. Вы отключили (обессмыслили) наследственность и отбор, поэтому у вас работает только случайность. В результате ГА работает неэффективно. Но он всё равно найдёт решение.

[kelavrik-0.livejournal.com]

Вмешаюсь в спор.

Правильно ли я понимаю, чтобы ГА работал, должен быть программист, который запрограммирует удачную параметризацию?

И так, и не так. Возможно множество параметризаций, но удачные получат развитие, а неудачные нет.

[z-kir.livejournal.com]

В этой подветке речь шла о том, что ГА - совершенно негодная модель для атеистической эволюции.

Почему? Да по той простой причине, что чтобы ГА работал, кроме собственно ГА должен быть программист (разум) который запрограммирует удачную параметризацию, т.е. выберет удачные гены и составит функцию, которая по генам (цепочкам цифр, "генотипам") будет формировать возможные решения задачи ("фенотипы").

Если параметризация неудачная, эффективность ГА будет приближаться просто к эффективности случайного поиска.

[kelavrik-0.livejournal.com]

Сразу о нелепостях.

// атеистической эволюции //
Эволюция не теистическая и не атеистическая. Так же как радиоволны не теистические и не атеистические.

ГА - нормальная модель эволюции. Что до параметризации, то я вам уже предложил: случайная параметризация. Неудачная отсекается тем же отбором.

Биологический пример. Те же амёбы не дали никаких многоклеточных организмов и занимают не очень то большую нишу. То есть неудачная параметризация. Параметризация у губок не породила многотканевые организмы. Поэтому опять же нет прогресса. Примеры можно множить и множить. Грубо говоря смотрите на разборки по поводу искусственной таксономической группы протисты. Их сейчас дробят чуть ли не на царства.

[z-kir.livejournal.com]

Еще один пятнадцатиминутный ответ. :(
вам уже предложил: случайная параметризация
«Случайная параметризация» - это и есть тот самый культ первобытного хаоса (ака атеистическая эволюция), из которого якобы может возникнуть порядок. Это чисто умозрительная концепция, ничем реальным неподтверждаемая. В частности, неподверждаемая компьютерными ГА.

Хотя доказать эту концепцию очень легко. Представьте программу, на любом языке программирования, которая начнет с чистой случайности, сделает случайную параметризацию и решит задачу коммивояжера хотя бы для 500 городов за разумное время.

[kelavrik-0.livejournal.com]

Вы думаете, будто предлагаете нечто сложное? Кстати, параметризацию я продемонстрировал вам биологическими примерами, которые вы, наверное, не поняли.

Программа для коммивояжёра но на машинном языке с одной функцией свап. Кстати, очень простая функция.

[z-kir.livejournal.com]

Наоборот, я думаю, что вы не поняли ничего из того, что написал я.

[meopemuk.livejournal.com]

В случае биологической эволюции таким "программистом" являются законы квантовой механики, которым подчинены молекулы ДНК, аминокислот, ферментов и пр., а также космологические законы, определяющие эволюцию земного климата на протяжении геологических эпох. Ни то ни другое не требует для своего создания никакого разума и, самое главное - не требует никакой разумности от устройства, выполняющего генетический алгоритм. Это устройство просто подчиняется законам физики.

[z-kir.livejournal.com]

Вселенная кричит о своей разумности, об этом писали ученые и философы от Платона и до Эйнштейна. А в этой ЖЖ-дискуссии - dims12 http://macroevolution.livejournal.com/102243.html?thread=5820771#t5820771

Ни то ни другое [Законы Природы в широком смысле] не требует для своего создания никакого разума
Является ли это утверждение а) экспериментально установленным фактом б) аксиомой в) презумпцией г) религиозной догмой?

[meopemuk.livejournal.com]

> Вселенная кричит о своей разумности,

Эти ваши поэтические метафоры оставьте для романов и любовных писем.

> об этом писали ученые и философы от Платона и до Эйнштейна.

Авторитеты, догмы и "богодухновенные книги" меня не интересуют. Выкладывайте факты.

> Является ли это утверждение

Это оценочное суждение. (С)

[z-kir.livejournal.com]

У меня оценочное суждение ровно противоположное. Чтобы создать законы природы, благоприятствующие хотя бы существованию сложных структур, не говоря уже о "самосборке" их из хаоса, разум нужен.

В качестве упражнения придумайте законы природы для модели, которую можно было бы реализовать на компьютере. :)

Что до фактов, то они просты. Творец ( "эволюция") решил намного более сложные инженерные задачи и создал намного более сложные системы чем человек. См. например высшие организмы vs автомобили и программные системы.

меня не интересуют.
А нехило бы и поинтересоваться. А иначе получается какое-то воинствующее невежество :)

[z-kir.livejournal.com]

Если псевдослучайные числа плохие, то алгоритм будет "застревать".
Зачем я писал про периодические орбиты, непонятно.